Upacara bendera merupakan kegiatan rutin yang dilaksanakan setiap hari Senin atau pada peringatan hari besar nasional di madrasah. Kegiatan ini bertujuan untuk menanamkan nilai-nilai kebangsaan, disiplin, serta rasa cinta tanah air kepada siswa. Upacara diisi dengan pengibaran bendera Merah Putih, pembacaan teks Pancasila, UUD 1945, amanat pembina upacara, serta doa bersama. Melalui upacara bendera, siswa diajarkan tentang kedisiplinan, kepemimpinan, serta kebersamaan dalam kehidupan berbangsa dan bernegara.
